In Berlin-Spandau geboren, lebte Christian Zöllner, Dr. phil., zunächst als Missionarssohn insgesamt 17 Jahre in Südafrika und im damaligen Südwestafrika, ehe er seit 1969 in Deutschland und seit 1973 in Kiel wohnt. Er war u.a. tätig in der Lehrerbildung, Referats-leiter im Kultusministerium und in der Staatskanzlei sowie Geschäftsführer des SHMF in dessen Aufbauphase; 1990 wurde er Landrat in Mecklenburg-Vorpommern.
Nach der dortigen Kreisgebietsreform kehrte er nach Kiel zurück, wurde Direktor der Hermann-Ehlers-Akademie bis 2007 und war danach in einem Sanierungsteam am UKSH tätig. Neben Vortragstätigkeiten führt er Tagesexkursionen und Studienreisen für die Hermann-Ehlers-Akademie durch; er ist Präsident des DRK in Kiel und Geschäftsführer der Prof. Dr. Werner-Petersen-Stiftung.
Von ihm liegt eine Vielzahl von Veröffentlichungen zur Kolonial- und Zeitgeschichte vor; er war u.a. Herausgeber des „Kulturjournal für Schleswig-Holstein“ sowie Verfasser der Publikationen „Noch geteilt? Trennendes überwinden auf dem Weg nach Deutschland“ und Mit-Herausgeber (mit Stephan Richter) des „Kursbuch Schleswig-Holstein, 70 Jahre Schleswig-Holstein – 70 Gespräche über Verantwortung und Zukunft“.