Claribel Alegría ist die Tochter eines Nicaraguaners und einer Salvadorienserin. Sie wuchs in Santa Ana, einer Stadt im Westen El Salvadors auf und versteht sich selbst deshalb auch als Salvadorienserin. 1932, im Alter von acht Jahren erlebte sie La Matanza, einen Ethnozid, bei dem rund 30.000 Landlose und Ureinwohner starben.

Nach dem Schulbesuch in Santa Ana ging Alegría 1943 in die Vereinigten Staaten und studierte an der George Washington University in Washington, D.C.. 1948 schloss sie ihr Studium mit einem Magister Artium ab. Zwischen 1944 und 1947 war Juan Ramón Jiménez ihr Mentor.

Claribel Alegría war bis zu dessen Tod 1995 mit dem US-amerikanischen Schriftsteller Darwin J. Flakoll verheiratet. Gemeinsam hat das Paar vier Kinder. Die Familie lebte lange in den USA sowie mehreren Ländern Europas. 1985 kehrte Alegría mit ihrem Mann nach Nicaragua zurück, um die gesellschaftliche Konsolidierung nach dem Bürgerkrieg zu unterstützen und die Gewaltlosigkeit zu vertreten.