Nach dem Abschluss der Kunstgewerbeschule Basel 1966 eröffnete er sein erstes Atelier für Grafik und Design.
Seine Cartoons und Illustrationen erschienen ab 1971 regelmässig in den namhaftesten Zeitungen, Zeitschriften und Magazinen im In- und Ausland.
Daneben schuf er unzählige Poster, «Wimmelbilder» für Firmen und mehrere Cartoon- und Comic-Bücher, darunter der Bestseller «Auslese».
Seit 1997 Verlagerung des Schwerpunkts auf Gross-Skulpturen, Kunst am Bau, Plastiken, Möbel,
Lichtskulpturen und dreidimensionale Cartoons.
Immer wenn Werner Nydegger ein Gebiet im Detail studiert und perfektioniert hat, wendet er sich davon wieder ab, um in eine neue Richtung zu gehen, welche seine Neugier geweckt hat.
So hat er 2015 begonnen, Cartoons in Worte zu fassen, wobei u.a. dieses Buch entstanden ist.