Werner Ziegler ist promovierter Diplom-Kaufmann. Nach einer Tätigkeit als Banker übernahm er eine Professur für Unternehmensführung an der Hochschule für Wirtschaft und Umwelt Nürtingen-Geislingen. Diese Hochschule leitete er als Rektor sechs Jahre lang bis zu seiner Pensionierung.
Seine Forschungsschwerpunkte sind Insolvenzwesen, Strategische Unternehmensführung und Marketing.